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1、存在形式不同。磷酸基团一般是指磷酸酰基，即磷酸脱去一个羟基的结构，也可以是脱去两个羟基的磷酸基团，比如ATP、核苷酸等；而磷酸就是指无机物磷酸，一般是以分子形式存在。
2、化学性质不同。磷酸基团具有很强的配合能力，能与许多金属离子生成可溶性的配合物。如Fe3+与PO43-可以生成无色的可溶性的配合物[Fe(PO4)2]3-和[Fe(HPO4)2]-；而磷酸属于二元中强酸，可以与各种碱性物质和金属发生反应，也可以用于制备其它酸。
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